据记载，仁祖反正之谋最早策划于万历四十八年（1620年，光海君十二年，一说1618年），策划者是出身西人党的武人申景禛和李曙，绫阳君李倧、具宏、申景裕等都是申景禛的亲属，自然被拉了进来。他们还需要名望的文臣加入，于是便找了赋闲在家的前同知金瑬（其父金汝岉与申景禛之父申砬在壬辰倭乱时一同战死于忠州）、“一言相契，遂定推戴之策”。天启二年（1622年，光海君十二年）四月，申景禛以吊唁李贵夫人的名义拜访前府使李贵，阐明举事之意，李贵赞同，于是李贵之子李时白和李时昉、儒生金自点与沈器远、前兵曹佐郎崔鸣吉等都相继加入政变集团，此后“预谋效力者日众”。

天启二年（1622年，光海君十四年）秋，李贵获叙用为平山府使，与长湍府使李曙并为政变核心中仅有的两名担任官职者，他们两人约定在当年冬天举事。然而，此后他们的计划一波三折，先是李贵欲以申景禛为自己属下的中军，但申景禛行踪诡异，遭到领议政朴承宗的怀疑，请求光海君调任申景禛为晓星岭别将；其后三个月中，李贵“托以御敌，颇留意兵事，举措异常”，同时以跨境捕虎为借口取得了光海君允许他联络长湍的权限，李贵将其反正之谋暗示给都元帅韩浚谦和自己的上司黄海道观察使李溟两位封疆大吏，韩浚谦是绫阳君的岳父，对此予以默认，而李溟则将此事稍稍泄露给朝中权贵，导致李贵遭到司宪府的弹劾，在天启二年十二月（1623年1月，光海君十四年）被罢了官。于是李贵的举事计划被迫中断。

此时有一个叫柳天机的人向朝中权贵告发李贵居心叵测，李尔瞻遂指使两司（司宪府、司谏院）上疏揭发李贵有“扶护西宫（仁穆大妃）”之谋，请求光海君对李贵、金自点予以逮捕彻查。由于李贵之女和金自点贿赂了光海君的宠妃金介屎请其疏通，光海君也早已不满李尔瞻弄权，所以李贵及整个政变集团逃过一劫。为了避嫌，举事计划又推迟了两个月。

李贵去职后，李曙成为仅存的硕果，他利用职权之便在长湍的德津山城练兵，作为政变武装。绫阳君则捐出数百金，让沈器远等暗中募集政变士兵，其后金瑬、李贵、崔鸣吉等又计划了举事的日期和具体安排，日期是三月十三日，大将（行动总指挥）为“素有将望”的金瑬。尽管如此，政变集团仍然惧怕卫戍汉城的正规部队——训练都监兵，觉得必须拉拢指挥都监兵的训练大将李兴立才行，于是让李兴立的姻亲、政变集团成员张维去说服李兴立，争取到了他的内应。

就在万事俱备、只欠东风之时，有个叫李而攽的参与者将政变阴谋传出去，最后为领议政朴承宗得知，朴承宗便让李而攽告变，此时是政变日期前夜（三月十二日夕）。金自点得知后急忙献酒馔于金介屎，于是光海君便和金介屎等诸姬在鱼水堂花天酒地。此时朴承宗已经设置推鞫厅，并将李而攽之告变上报给光海君，由于光海君正在游宴，故不以为意，由于朴承宗等再三请求，光海君才勉强下令召集大臣，但此时夜已深，宫门关闭，大臣们进不了宫，便改在备边司聚会待命。朴承宗得不到光海君的旨意，又相信自己的亲戚李兴立，因而推迟了调查。

政变集团又躲过了被一锅端的灭顶之灾后，正式启动了政变计划。他们约定在天启三年（1623年，光海君十五年）三月十二日夜二更回合于汉城西郊的弘济院。李贵、金自点等陆续率所募“义士”赶到弘济院，但是唯独大将金瑬到二更尚未赶来。此时张维赶来，通报有人告变、鞫厅已设、到处抓人的消息，这数百名“义士”不过是乌合之众，听到消息后都大惊失色，军心动摇。李贵便招来政变集团中的非核心成员李适，让他临时充任大将，理由是他有将才。李适欣然同意，果然军纪迅速得到整饬，李适把数百片“义”字纸粘在政变士兵的衣服后，准备出发。当时，金瑬也得知有人告变，打算在逮捕者到来时把他杀了再去弘济院会合，因而迟迟不动身。随后沈器远、元斗杓赶到他家，督促他快点出发，金瑬才动身。

金瑬与其子金庆征来到弘济院南侧的慕华馆，取代李适号令政变队伍，绫阳君虽然在原计划中没有预定要亲自出马，但为确保万无一失，也带着亲兵到延曙驿，迎接从长湍带兵赶来的李曙，于是金瑬、李贵、沈器远、崔鸣吉、金自点、宋英望、申景裕等所领诸军共计六七百人，李曙的军队700多人，在夜三鼓向汉城西北门彰义门进军。由于李兴立麾下的都监兵按兵不动，所以他们不仅顺利攻入了彰义门，还畅通无阻地杀到了昌德宫，哨官李沆开敦化门，政变军进入昌德宫，在寝殿放火，搜捕光海君。光海君及其世子李祬得知消息后，仓皇从后苑溜走。

三月十三日黎明，绫阳君坐在昌德宫仁政殿阶上的胡床上，指挥接下来的行动。他召集百官，并先处死了朴鼎吉、金介屎、朴弘道三人。接着派金自点、李时昉去庆运宫通报仁穆大妃，因为只有她才能赋予绫阳君王位继承权，接着又派李贵去奉迎仁穆大妃，大妃不出。此时光海君已被抓获，绫阳君便用轿子载着光海君，亲自骑马前去庆运宫，在宫门外痛哭流涕，俯伏待罪。仁穆大妃说：“绫阳君是宗子朝鲜仁祖。

次日，新政权以仁穆大妃的名义颁布教书（原文由张维执笔），废黜光海君，立绫阳君继承大统。这道教书可以看做是政变的“宣言”，也算是声讨光海君的檄文，通过该教书正式树立起政变的名分，使之合法化。教书内容可归纳如下：

反正成功后，新政权展开了对光海君及其亲信的肃清行动。光海君一家被流放到江华岛。三月十四日，光海君宠臣韩缵男、白大珩、郑梦弼被斩，他们与之前被处死的兵曹参判朴鼎吉、尚宫金介屎、承旨朴弘道一起枭首示众。其后庆昌府院君李尔瞻等30多人落网，三月十七日，处死光海君宠幸的和尚性智，三月十九日，李尔瞻及其子李弘烨、李益烨与同党郑造、尹訒、李伟卿、赵龟寿、朴应犀、韩希吉等被斩首示众，四月初三日，斩大北派精神领袖郑仁弘，同日告密者李而攽、金介屎继父刘梦玉等14人亦被处死。四月初六日，处死光海君的外戚柳希奋、柳希发兄弟及李尔瞻同党李尚恒、李日馨、郑之准，另有7名宫女被斩。此外，都元帅韩浚谦还将执行光海君中立外交政策的平安监司朴烨、义州府尹郑遵就地正法，光海君派到诸道搜刮的调度使金忠辅、金纯等也被捕杀。光海君的亲家领议政朴承宗及其子朴自兴在仁祖反正后逃到城外，自缢而死，李尔瞻的长子李大烨虽被特赦死罪，但自杀于狱中。反正后一共有80余人被杀，还有上百人被监禁（围篱安置）或流放远地。

伴随反正的还有平反昭雪和论功行赏。除了许筠（曾倡废母之论）等极少数外，临海君、晋陵君、永昌大君、绫昌君、柳永庆、金悌男等大部分光海君时代的“逆贼”都获平反，仁穆大妃的母亲也从济州岛被召还，关在监狱里的所有犯人都在反正当天获得释放。同年冬，策“靖社勋”三等共53人，金瑬、李贵、金自点、沈器远、申景禛、李曙、崔鸣吉、李兴立、具宏、沈命世10人为一等，李适等15人为二等，朴惟明等28人为三等。但李适对这种利益分配的结果极为不满，导致了不久后爆发的李适之乱。

仁祖反正之后，新王的合法性还需经过宗主国明朝的承认。仁祖反正发生之际，奉旨宣谕朝鲜协助明军的明朝推官孟养志和驻椵岛（皮岛）的明将毛文龙麾下守备应时泰等正在朝鲜，仁祖予以接见，向他们表示愿与明朝“同心协力，期剿此虏（后金）”、“协心一力，期灭此贼”。新政权以左议政朴弘耇的名义移咨毛文龙，称李珲无道，被昭敬王太妃（仁穆大妃）所废，李倧奉太妃命继位，请求协助转奏；同时任命韩平君李庆全（李山海之子）为奏闻使、知中枢府事尹暄为副使、宗簿寺正李民宬为书状官，携带以仁穆大妃名义所上的奏文，于天启三年（1623年，仁祖元年）四月二十七日启程出使明朝。

明朝先在四月二十九日接到毛文龙揭报登莱巡抚袁可立、再由袁可立转奏之朴弘耇咨文，七月又接到由天津督饷户部右侍郎毕自严奏报的孟养志等所禀朝鲜政变情形。明朝对此的第一反应是“篡逆”，认为李珲是经过明廷册封的合法国王，李倧不经明朝许可就擅自取代李珲，是挑战明朝权威之举，就算李珲有罪，正确程序也是先由太妃上奏明廷，再由明廷定夺其废立，因此登莱巡抚袁可立提出了“声罪致讨”的强硬主张，并认为即使因“封疆多事”而不能出兵，明朝也应遣使宣谕朝鲜臣民讨贼，或者在李倧待罪之后“徐颁赦罪之诏”，如同明太祖对待李成桂那样承认主政但不予册封。大部分明朝言官也要求问罪朝鲜。但是明廷元老督师枢辅孙承宗主张“因其势而利导之”，毕自严则认为对李倧不可兴师讨伐，又不可轻率册封，要等他“输服请罪、往返再三”或者“进兵助剿、功绩昭著”后才准册封；在朝鲜问题上握有很大发言权的毛文龙亦与仁祖政权达成默契，指出光海君忘恩背德、仁祖真心亲明。

七月二十六日，李庆全使团抵达北京，其后多次呈文于内阁首辅叶向高、礼部尚书林尧俞等明廷大员，力图“辩诬”，叶向高、林尧俞等亦倾向册封，但碍于“天朝事体”，要先行调查。明熹宗先于六月采纳了孙承宗的建议，不对朝鲜用兵；后于八月批准了林尧俞的建议，决定由袁可立、毛文龙分别派查官去朝鲜调查实情。结果袁可立派的查官赵延龄淹死在海中，毛文龙派的查官陈继盛则将收集到的朝鲜臣民831人的意见呈报明廷，证实了仁祖政权所言不虚。林尧俞遂于天启三年十二月八日（1624年1月27日）上疏皇帝，认为根据一些证据和毛文龙所调查的结果来看，李珲悖逆、李倧恭顺属实，从“联鲜制奴”的大局出发，可以权且不顾“纲常名义”，同意朝鲜请求，明熹宗遂批准封仁祖为朝鲜国王。天启四年（1624年，仁祖二年）四月，携带明朝准封敕谕的李庆全使团总算完成使命，回到朝鲜。天启五年（1625年，仁祖三年）明廷正式遣使册封仁祖，仁祖反正及仁祖王位的合法性才得到最终的认可。

仁祖反正尽管获得明朝认可，却并未改变明朝对其“篡逆”的定性，明朝的承认只是基于“联鲜制奴”大局下的权宜之计而已。崇祯五年（1632年，仁祖十年），朝鲜方面就获悉《两朝从信录》中关于仁祖篡位的记载，但当时仁祖政权还认为“此不过闾巷间浪杂之书”，并不重视。入清以后，鉴于清朝要为明朝修史，而明朝留下的相关记载一致定性仁祖“篡逆”，朝鲜担心清廷将这种记载写入正史，流传天下后世，因此在肃宗、英祖时期一再遣使辨诬，乾隆四年（1739年，英祖十五年）清廷修成的《明史》中将仁祖反正记载为“国人废珲而立其侄绫阳君倧”，朝鲜对此满意，仁祖反正引发的外交余波才最终画上了句号。

仁祖反正以后，朝鲜政局由大北派转入西人党手中，南人也获得起用。此后直到朝鲜王朝灭亡的将近300年的时间里，绝大部分时间都是由西人（包括由其分化的老论、少论）主政，朝鲜王朝的王统也归属仁祖一系。但除了这些上层建筑的变化外，这次政变在朝鲜内部而言并无太大影响。起初，政变消息传到朝鲜民间时，“甚快人意，人皆相庆”。然而到了第二年，司谏院就上疏说“反正之后，政令施设未有以大慰民心者，而加之以师旅，仍之以饥馑，中外赤立，怨讟朋兴”，百姓中甚至流传这样一首歌谣来讽刺仁祖政权：“孰谓清时？今亦昏时。昔在昏时，爵人以贿。今在清时，爵人以私！”所谓“清时”是指仁祖时期，“昏时”指光海君时期，这首歌谣反映出朝鲜百姓心目中的仁祖政权在为政方面比起光海君并无本质区别，某种程度上甚至有所恶化。后世史官则批评仁祖政权革除弊政的法令犹如一纸空文，有“失信”之嫌。

在外交方面，一些观点认为仁祖反正后，新政权为了践行反正时的大义名分，将光海君的中立政策急速转向亲明排金，造成朝鲜与后金关系恶化乃至招来入侵。但比起光海君时而言，新政权更加亲明固然是实，却也尽量避免刺激后金。虽然仁祖政权不再与后金往来，并且在政变不久后就向明朝使者标榜要和明朝“同心协力，期剿此虏”、“协心一力，期灭此贼”，然而这并不意味着仁祖政权会主动招惹后金，其“协力讨虏”的标榜除了对国内普遍亲明的两班阶层有个交代外，还有仁祖急于获得明朝册封的意图，很大程度上只是虚晃一枪而已。所以仁祖政权的建立并未从根本上改变光海君时代的国际格局，朝鲜在明金之间仍然维持“不背明、不怒金”的模糊状态，不过在亲明方面更进一步。