后来张玉贞升为昭仪，并在康熙二十七年（1688年，肃宗十四年）十月二十八日生下了王子（后来的朝鲜景宗李昀）。肃宗破例称张玉贞的儿子为嫡长子才有资格称的“元子”，引发西人群臣反对，肃宗趁机发动“己巳换局”，罢黜西人，起用支持张玉贞的南人。与此同时，升张玉贞为正一品禧嫔，仁显王后及金贵人的地位岌岌可危。据说，仁显王后听说王子诞生后，非常高兴，但害怕发生武则天陷害王皇后那样的变故，便一直没去看。肃宗已经萌生废黜仁显王后的念头，便常常进入仁显王后的内殿，想搜集她的过失，但一直没找到。于是在几天没去之后，派宫人去指责她不探望王子。康熙二十八年（1689年，肃宗十五年）四月二十一日，肃宗正式对群臣披露仁显王后“无关雎之风，有妒忌之习”的罪状，并将托梦一事以及仁显王后在王子诞生后说“实是意外”之语作为证据，同时又举出金氏与其叔祖父金寿恒勾结，泄露宫廷机密，暗示废黜二人之意，一些大臣劝阻，但肃宗反而“色愈厉”。四月二十三日是仁显王后的生日，群臣上问安单子于肃宗和仁显王后，肃宗拒绝接受，并逮捕了不禀告的中宫内官朱彬。于是领议政权大运等率群臣庭请（在王宫广场请愿），请求肃宗不要废黜仁显王后，但肃宗决心已定，且兵曹判书、南人巨头闵黯支持废妃，便断然拒绝群臣庭请，并逮捕了上疏言辞激烈的刑曹判书吴斗寅、弘文馆副应教朴泰辅，肃宗亲鞫（亲自审问）两人，结果双双被拷打致死，群臣本来就是南人为主，亦无意力争，不到三天就停止庭请，顺应肃宗主意。

康熙二十八年（1689年，肃宗十五年）五月初二日，肃宗正式下备忘记（一种非正式王命），以“七出”中“善妒”之罪废仁显王后为庶人，并声称她的罪过比朝鲜成宗的废妃尹氏还大。同日，仁显王后乘素轿出曜金门，回到汉城安国洞娘家私第（后朝鲜英祖赐名“感古堂”）。此时闵维重的三年丧期还没过，仁显王后到了私第后，直奔闵维重灵筵，放声痛哭。她的哥哥闵镇厚将灵筵等移到别人家，并牢锁私第，使外人不得通。

五月初四日，肃宗正式下教书，向臣民宣布废黜仁显王后。张玉贞取而代之，成为新任王妃。关于仁显王后废位后的生活，她的外甥李縡记载，伺候她的人只有她的一个十来岁的侄女（闵镇厚之女）和一个随她出宫的宫女（《仁显王后传》记载有三名出宫伺候她的宫女），平时大门深锁，除了偶尔有闵家妇女在深夜进入居留几日外，基本上无人往来。李縡也在康熙三十三年（1694年，肃宗二十年）二月十三日趁天还没亮随闵镇远来谒见仁显王后。仁显王后以罪人自居，不住本来的寝室，住在下人屋子，出宫时穿着为庄烈王后服丧的素服，此后一直都在穿这件素服。桌案上放着《孝经》《小学解》两册书，屋子收拾得非常整洁，见到外甥也非常高兴。闲来无事也会用色丝做成绦带，送给家里的孩子。后来仁显王后复位时，宫中使者看到私第“庭草蒙密，未有人迹”，无不为之感伤。

后来，张玉贞与肃宗出现矛盾，肃宗“颇悔悟，每燕居独处，辄长吁永叹，或企立西望安国洞，而歔欷不已”。张玉贞的党羽东平君李杭嗅到肃宗的变化后，想献媚于仁显王后，频繁馈赠柴炭粮饼等物，仁显王后说：“我是国家罪人，只待后命（指赐死之命）而已。王孙私馈之物，何可受之乎？”因而拒绝。

康熙二十九年（1690年，肃宗十六年），有大臣提议将仁显王后移至别宫安置，提高其待遇，肃宗本来答应，但由于张玉贞作梗，未能实现。康熙三十二年（1693年，肃宗十九年），肃宗在赐给妹夫海昌尉吴泰周的饼中藏着一首诗，诗中“多悲悔之辞”，暗示时机到了后会恢复仁显王后的王妃之位。

此时，以仁敬王后的侄子金春泽为代表的一帮西人子弟正在暗中策划从南人手中夺权，仁显王后复位是他们计划中的关键环节，宫女崔氏（后来的淑嫔崔氏）也参与其中，帮助肃宗回心转意。金春泽等人的活动被张玉贞及南人党察觉，遂于康熙三十三年（1694年，肃宗二十年）三月兴起大狱，逮捕金春泽、韩重赫等人。肃宗则于四月初一日断然实行甲戌换局，将南人逐出朝廷，重新起用西人，仁显王后复位遂成定局。四月初九日，肃宗命令将仁显王后安置于别宫。同时，肃宗写了数百字亲笔信给仁显王后，表达悔恨之意，仁显王后出厅设一桌供奉御札并跪读，然后回信感谢，表示不敢接受。四月十一日，礼曹禀告四月十六日以前都不是移宫吉日，只有十七日和二十四日是吉日，但肃宗已迫不及待，在看了各日拘忌后，认为十二日的拘忌不太严重，便指示在十二日接仁显王后回别宫。

四月十一日，宫中所派宦官来到安国洞私第，要求交出钥匙开门，接仁显王后入别宫，被仁显王后拒绝，宦官回去报告。肃宗命令必须开门，仁显王后被迫开门，但仍拒绝去别宫，并谢绝了肃宗派宫女给的王妃衣服。随后肃宗与仁显王后之间又交换了两次书信。十二日，肃宗命令宫女必须让仁显王后穿上王妃衣服，否则治罪，仁显王后被迫穿上，午时乘轿自耀金门入西宫（庆德宫，即庆熙宫）景福堂。汉城官民都来围观，欢呼雀跃。肃宗摆驾景福堂，等待仁显王后到来，远远听到欢呼声，笑道：“民情大可见也！”仁显王后的轿子抵达景福堂以后，出轿伏地谢罪，被肃宗扶起，一同进入景福堂用膳，肃宗不停表达悔意，并恢复闵维重夫妇爵号。当晚，肃宗命令张玉贞退出中宫，并打算与仁显王后一起回宫，仁显王后跪地谢绝。于是肃宗先行，命伺候仁显王后的尚宫务必奉仁显王后回到中宫。四月十三日，仁显王后终于回到阔别五年的昌德宫大造殿。其后肃宗还对仁显王后说自己办事太急，考虑不周，没有亲自去安国洞私第迎接，对此感到非常后悔。四月二十一日，肃宗将仁显王后复位昭告宗庙。

康熙三十五年（1696年，肃宗二十二年）冬，肃宗破例让仁显王后与世子嫔沈氏（端懿王后）参拜宗庙，由此朝鲜始有女子庙见之礼。

仁显王后复位后，依然没有为肃宗生下子女。张玉贞作为世子生母，只是降为禧嫔，并未受到处罚。据说她对仁显王后更加不逊，不称仁显王后为“中宫”，而称为“闵氏”甚至“妖人”，也不去向仁显王后问安。不过仁显王后与张禧嫔所生的儿子李昀关系融洽，在她迁居西宫景福堂当天，李昀跟着肃宗一起去，称仁显王后为母亲，不离左右，所以仁显王后在给闵家的私信中说：“世子奇特奇特，渠视我如母，吾亦怜爱之特甚矣。”

康熙三十九年（1700年，肃宗二十六年）四月，仁显王后开始生病，“腰脚刺痛不可堪，至于成脓破肿”，肃宗命闵镇厚、闵镇远兄弟随时入宫伺候仁显王后，闵家妇女也准许入宫侍疾。经过一年多的疾病折磨，到康熙四十年（1701年，肃宗二十七年）八月，闵氏已病入膏肓，“前后破肿至于五六处，腰脚无完肤，消铄槁枯，不忍仰瞻，形症千百变幻”。八月初四日突然有“胸膈痞塞”的症状，肃宗急传时任兵曹参判的闵镇厚入侍。据说她临终前曾对闵镇厚等诉说张玉贞对她不恭之状，并且感慨：“即今予病症形极怪异，人皆谓必有所祟。宫人时莫者多有可疑之迹，亦不无现露之事，而何人敢告于主上，而主上亦何以知之乎？只予备受苦楚，今至两年，己无回苏之望。今日所愿，惟在速化，而犹有进退，如是弥留，苦哉冤哉！”说罢泫然泪下。

康熙四十年（1701年，肃宗二十七年）八月十四日丑时，仁显王后闵氏升遐于昌庆宫景春殿，死后谥号仁显（按谥法：施仁服义曰仁，行见中外曰显），加尊号全称“孝敬淑圣庄纯元化懿烈贞穆仁显王后”。葬于明陵，肃宗亲撰志文及行录。不久淑嫔崔氏告发张玉贞作巫蛊诅咒仁显王后，于是张玉贞被肃宗赐死。肃宗并于当年十月七日下旨：“自今著为邦家之典，不得以嫔御登后妃。”嘱咐后世子孙不要以妾为妻，以免后宫怀有夺嫡之心。仁显王后下葬时，肃宗下令采取“虚右之制”，预备自己死后与仁显王后合葬，以免再劳烦百姓修陵，不到二十年，肃宗去世，按其遗命与仁显王后合葬于明陵。

仁显王后有5篇谚文书信（谚简）保存于淑徽公主后裔所辑的《宸翰帖》中，均为她写给淑徽公主的信函，内容多为王室琐事和宫廷生活。她的谚文字迹被评价为“绝品”，并出现了已经出现了后世韩文“宫体”字的基本特征。

虽然孝顺公婆是朝鲜女子的基本品德，但仁显王后对明圣王后尤其突出，没有一件事不顺明圣王后的心意，明圣王后曾感慨即使是古代那些著名孝子恐怕都比不上仁显王后对她的孝顺。

仁显王后被废期间，南人党多次派刺客刺杀她。有个叫赵克良的义士每夜巡墙，防范刺客，曾抓住一人，扭送捕盗厅，但因证据不足而释放。后来赵克良被南人杀害。

仁显王后被废期间，有个卖菜婆婆经常从仁显王后住所墙外给仁显王后扔蔬菜，仁显王后复位后也不来邀赏，终究不知道她是谁。

每天，闵家都会给仁显王后送粮、炭、馔、柴，还有一只生鸡，仁显王后没有吃它，只是圈养，据说这只母鸡突然变成了公鸡。还有一只狗在仁显王后被废出宫时突然跑来跟着她，此后仁显王后也豢养这只狗，昼夜不离。等到复位时，这只狗就跑了。

（以上参考资料）