8月初，鲍贵卿到沈阳面谒张作霖，张允支持鲍顺利赴任。9月下旬，将扰乱黑龙江省的最大隐患——许兰洲及其所统骑兵五营、步兵三营调往奉天，隶属张作霖指挥；同时命张鸣九率领奉军4个骑兵营由奉赶赴黑龙江，并从奉天募兵10个营以加厚实力。为了制止地方实力派英顺和巴英额的反抗，张作霖以剿灭匪患为名，命令吴俊升第二十九师立即北上调停。11月7日，吴俊升率二十九师进驻齐齐哈尔，将驻军旅长巴英额和英顺的兵权解除。至此，鲍贵卿方始掌握黑龙江省的军政大权。而张作霖则借鲍贵卿之手把黑龙江攫为己有，奠定了统一东三省的基础。

1918年9月7日，北京政府任命张作霖为东三省巡阅使，成为“东北王”。为了控制吉林，1919年7月6日，由北京政府下令吉林督军孟恩远到京供职，调鲍贵卿署吉林省督军，孙烈臣署黑龙江省督军。孟曾串通吉林第一师师长高士傧抵抗失败，高被免师长职。又经鲍允保全孟及属下的生命财产安全，8月5日孟始交出督军印绶。

1919年8月11日，北京政府改派鲍贵卿督办东省铁路公司事宜兼东省护路军总司令，免兼陆军第十九混成旅旅长职，改由张焕相接充。11月11日又准鲍贵卿免兼滨黑铁路督办职，由孙烈臣兼任。1920年1月，鲍贵卿接管中东铁路，3月16日下令解除中东铁路旧俄武装，并解除中东铁路坐办霍尔瓦特的职务。5月改订中东铁路司法权，取消中俄会审制度。至此，中东路主权被中国接收。6月，鲍贵卿辞去督办东省铁路公司事宜，同年9月兼署吉林省长。

1920年10月东北人民掀起反日斗争，延边地区中朝人民共同反抗日本侵略者，焚烧珲春日本领事馆，又烧日本占领的市街，日本乘机派兵万余人侵占大片中国土地，后又增调第十九师团从朝鲜来该地区。东三省巡阅使也集结重兵在延边，残酷镇压当地人民，并应日本要求派日人町野武马（张作霖的顾问）到吉林，会同鲍贵卿制定与日本人“会剿”办法八条，遭人民谴责，鲍贵卿不得不矢口否认。同时，鲍贵卿向朝鲜银行、正金银行先后借款400万元一事，遭到吉林朝野人士的激烈反对。

1921年3月21日，经张作霖同意，鲍贵卿以眼病辞去吉林督军，授将军府霆威将军。同年12月，梁士诒在张作霖支持下组阁，任鲍贵卿为陆军总长。1922年4月，奉系军阀在第一次直奉战争中失败后，鲍贵卿以病为由辞去陆军总长职务，返回东北。1924年9月2日，张作霖任鲍贵卿为东省铁路公司督办事宜。次年1月，得北京政府认可，9月21日去职，由刘尚清继任。

1927年6月，张作霖就任陆海军大元帅，组织军政府，他于10月任故宫博物院管理委员会委员，分管文物、档案，时安国军大元帅府有意让鲍贵卿接替韩麟春的第四方面军团长职，但未实现，被张作霖聘为帅府顾问。1928年2月，任审计院长。同年6月4日，张作霖撤归关外时被日本军国主义分子在皇姑屯炸毙。鲍曾与张同车，因在天津已先行下车，幸免遇难。

此后，鲍贵卿退出政治舞台，在天津、北平寓居，因其当过武卫右翼工程营队官，熟悉工程学，尤其对房屋建筑颇感兴趣，曾被天津仁义地产公司推为公司董事长，曾自己设计、监修住宅、别墅多处。其间，他把天津南开中学附近60亩价值18万元的土地，以半捐半卖形式让给南开中学做操场，只收5万元，对兴办学务做了义举。

鲍贵卿由于晚年开支过巨，所经营企业多不景气，有时入不敷出，他便变卖或抵押房地产来渡过难关。1934年3月1日，鲍贵卿病逝于北平（今北京），葬于北平香山八大处。

次子：鲍英麟

儿媳：张首芳

在北京西山森林公园的“狮子窝”山峰下，原有明代古刹功德禅寺，清末，此寺逐渐倾废，20世纪三十年代，旧基改作鲍贵卿墓。现为石景山区普查登记文物，类别为墓葬。

鲍氏家祠始建于中华民国时期，鲍氏家祠现存石砌坟墓，以及墓前的三门四柱石坊一座、华表两座。鲍氏家祠被列为石景山区普查登记文物。2013年，西山八大处文化风景区核心区总体规划方案形成。2014年初，有报道称八大处公园计划在条件允许的情况下，开展弘德寺、洪福寺的考古勘探工作，并启动鲍氏家祠等文物修复项目。