鼠船在县内的航道有四条。一是县城经今天的云龙乡、白樟镇、白中镇、池园镇，到达今天的上莲乡莲埔鼠船码头，全长47公里。二是县城经今天的云龙乡、白樟镇、白中镇、坂东镇，然后分两路：一路经坂东镇到达今天的三溪乡，当日朱熹游览白岩山并题字“八闽岳祖”，走的就是此路；一路经坂东镇到达今天的塔庄镇（最远可航行到省璜镇的镇区），全长39公里。三是今闽江北岸安仁溪的东桥镇安仁溪村口至下洋村，全长6公里。四是从今雄江镇大雄村，溯闽江，经古田县水口镇，至橘林乡的埘坪村，全长35公里。鼠船航运经过的各个乡镇，都是临溪修建镇中心街道，街道沿溪一侧的店铺底层都有石块砌成的台阶式码头，以便鼠船货物的装卸。鼠船在县内的主要停靠码头有：云龙乡的台鼎街，白樟镇的白云渡街，坂东镇的坂中街、车墘街、旱头街，塔庄镇的茶口街、坪街、莲宅街，白中镇的五回取地街，池园镇的池园街，上莲乡的上寨街，雄江镇的大雄街、橘林乡的埘坪街和古田县水口镇的水口街（原属闽清，解放后划入古田县）。

鼠船除了在县内溪道航行，还经闽江航道上行到闽北，闽北俗称“上府（首府剑州府，今南平市）”；下行到福州，福州俗称“下府（首府福州府，今福州市）”。鼠船通常由福州承运食盐、糖和日用工业品，分赴闽北的南平、顺昌、将乐、邵武、光泽、泰宁、建宁、沙县、永安、尤溪、建瓯等县，然后由上游各县运输大米、土纸等土特产品下行到福州。也有不少鼠船和船工在闽北扎根。据史志记载，当时的鼠船溯闽江而上，在闽北的尤溪、沙溪、建溪、富屯溪，开辟了四条溪道航线：一是沙溪流域的沙县县城至夏茂，全长40公里；二是沙溪流域的永安县贡川至明溪县的溪源，全长30公里；三是尤溪流域的大田县汶江至尤溪县城，全长90公里；四是富屯溪的泰宁县城至际下，全长35公里。据史书记载，鼠船“上行‘纸糊’剑州府、下行‘铁打’福州府”（清军入闽，福州府久攻不克，铁打的一般；剑州府一攻即破，就像纸糊的），每一艘船上都有一个师傅带一个学徒，学徒年龄大多十多岁，偶有一艘船上三人者，即一个师傅带两个学徒。船民多以同乡、同村自愿组合，一帮一帮的出行，一般是五六艘为一帮，也有多达二十多艘成一帮，路上可相互照应。

鼠船独特的建造工艺，后来还传播到海外。据史书记载，清朝末年，朝廷通缉闽清籍戊戌维新余党黄乃裳，乡亲们闻讯，及时用鼠船将之送出闽江口，帮助他逃往南洋。后来黄乃裳在南洋与北婆罗洲砂捞越的拉者（统治者），签订垦约，获准在今之马来西亚诗巫拉让江两岸（右起船溪美录到罗马湾，左起亚山港到开汉港），垦荒种植谷物和蔬菜，建设海外“新福州”——诗巫城。创业初，闽清移民建造的鼠船送货物和粮食，沿江交易商品，立下汗马功劳。今天，诗巫的拉让江上，鼠船仍是主要交通工具之一。许多诗巫人每天驾驶着鼠船沿江漂行，与沿江住民交易商品，生意红火。

“雨余月际，遥睇江烟苍茫间，舴艋往来，飘如一叶，亦佳趣也。”这是八百多年前，朱熹笔下的闽清鼠船晚渡美景。

1197年初夏，南宋进士郑君端，奉命赴闽清县担任县令，路过闽北重镇建瓯时，巧遇著名理学家朱熹。遂以江西同乡的身份，邀请朱熹到闽清讲学，朱熹欣然应邀。于是，两人结伴，雇了一艘当时称霸闽江航运的闽清鼠船，顺流而下，直奔闽清。

朱熹笔下的“舴艋”，就是今天闽清人说的闽清鼠船，“舴艋”这一名称是闽清人、福州地区第一个状元——许将，觉得鼠船名字不雅，遂改名为舴艋舟。可是闽清百姓嫌之“字僻”，背地里仍然称之“鼠船”。

鼠船也为革命立下了功劳。1933年5月，红军在攻打顺昌洋口镇，停泊在顺昌江面上的一百多艘鼠船架起浮桥，保证了红军队伍顺利过江。《闽清县志》记载，抗战时期，福州通往闽西、闽北及出省的惟一公路——福（州）古（田）瓯（建瓯）公路被破坏，福建沿海各地运往江西和闽西、闽北的食盐、食糖、龙眼干等货物，多由莆田挑运经永泰到闽清，再由鼠船运往闽江上游；江西和闽西、闽北的大米、香菇、笋干等农副产品，也多于闽江上游用鼠船航运到闽清，再由闽清挑运经永泰到沿海各地。当时，多达千余艘的闽清鼠船，为福建人民的抗日战争事业作出了重大贡献。1944年中共福建省委在闽北遭遇国民党顽固派包围，鼠船将众多干部战士偷偷运送到闽清，一路挺进闽清橘林乡伴岭村，组建中共闽东特委，指导闽东的抗日战争；另一路取道闽清坂东镇洪安村，经永泰县前往福建东南沿海抗日前线，指挥全省的抗日战争。