当时，抵达金田团营之会众日增，粮食供应不足，全体会众概行食粥。而活跃于大湟江口之天地会头目张钊、田芳等原拟与“上帝会”联合，后借口纪律太严，又相率离去。部分会众因生活艰苦，欲随张钊叛逃。十一月初旬，萧朝贵伪托天兄下凡，指出食粥乃天父试心，“欲与大头妖（张钊）同群即是入鬼路”，众心乃定。十一月二十九日（1851年1月1日），清军分路围攻金田，萧朝贵率军迎敌，手刃清江协副将伊克坦布于蔡村江，骁勇之名大著。十二月初十日，洪秀全发动金田起义，建号太平天国，自称“太平王”。两日后，太平军进驻大湟江口。萧朝贵在屈甲州、牛排岭屡败广西提督向荣所率清军。

太平天国辛开元年（1851年，清咸丰元年）二月初八日，太平军由江口突围入紫荆山，两日后越山到达武宣东乡、三里。二月二十一日，洪秀全在东乡自称“天王”，以杨秀清、萧朝贵、冯云山、石达开、韦昌辉为五军主将，其中萧朝贵为右弼又正军师、前军主将，地位仅次于天王洪秀全和左辅正军师、中军主将杨秀清。当时战斗频繁，生活艰苦，太平军被清军包围，犹如瓮中之鳖，悲观情绪严重，会众常有触犯天条或叛变投敌者。为此，萧朝贵于武宣、象州两地先后十五次伪托天兄下凡，教导会众遵守条令，同顶天父、天兄、天王江山，严惩逆令及背叛者。

六月，太平军自象州回紫荆、金田，萧朝贵率军在双髻山、风门坳与清军激战，屡获胜仗。八月，全军从桂平入平南，清将向荣、乌兰泰尽率所部在官村防堵。萧朝贵与冯云山亲统精锐，穿插敌垒，全歼向荣军，缴获颇丰。旋与韦昌辉、石达开、罗大纲等率陆路军入藤县大黎，屯扎五日，征集粮草，扩充队伍，随即进逼永安州，于闰八月初一日攻克州城，这是金田起义以来太平军占领的第一座城池。此后清军不断反扑，在十月十八日的水窦村之战中，萧朝贵指挥太平军击退清军猛烈攻势，但本人也身负重伤。十月十八日和二十日以“天兄”身份下凡两次，就自己受伤之事安抚众人，表示自己只是“受些小伤，不甚要紧”“成人不自在，自在不成人，越受苦，越威风”。此后便极少下凡（仅在翌年二月桂林之战中下凡鼓励将士“放胆宽心”），在太平天国的政治生活中逐渐边缘化。

太平天国辛开元年（1851年，清咸丰元年）十月二十五日，洪秀全下诏褒奖分封东、西、南、北、翼五王和陛赏官爵800余人。萧朝贵被封为西王、八千岁，但受东王杨秀清节制。此后太平天国的重要文件如《奉天诛妖救世安民谕》《奉天讨胡檄布四方谕》《救天生天养中国人民谕》等都是由杨秀清和萧朝贵联名发布，但实际地位已远不如杨秀清，也在数月间处于疗伤状态，极少公开活动。

太平天国壬子二年（1852年，清咸丰二年）二月，太平军撤离永安，在攻广西省城桂林不克后，于四月挺进湖南，转战多地，于七月初三日占领郴州。此时，萧朝贵所负重伤已基本痊愈，便向洪秀全建议“闻长沙城卑防疏，若假轻兵数千，倍道袭之，垂手可得”，得到批准。七月初七日，萧朝贵率曾水源、林凤祥、李开芳等共2000多名太平军将士，在数百名郴州天地会众的向导下奔袭长沙。他们取道湘东山间僻径，兼程疾驰，初九日克永兴，十八日下安仁，十九日占攸县，二十日破茶陵，二十五日取醴陵，二十八日在石马铺之战中大破清军，斩西安镇总兵福诚、潼关协副将尹培立、宁陕营参将萨保等，又攻金盆岭，清沅州协副将朱翰逃走，太平军获得军资枪炮无数。萧朝贵率军抵达长沙城南，驻扎妙高峰、鳌山庙等处险要。七月二十九日，萧朝贵派曾水源、林凤祥、李开芳等攻打长沙南门、浏阳门、小乌门等处。萧朝贵在妙高峰探查敌情，并指挥太平军炮击长沙城，以掩护曾水源等的进攻。清军从魁星楼开炮还击，击穿萧朝贵胸乳，到八月上旬某日不治身亡。

道光二十八年（1848年）九月，萧朝贵开始假托“天兄”下凡，由此逐渐掌握“上帝会”内的实权。根据《天兄圣旨》记载，他从道光二十八年（1848年）九月到太平天国辛开元年（1851年，清咸丰元年）闰八月之间代言“天兄”有120多次，涉及事务涵盖“上帝会”人事变动、洪秀全行踪、洪秀全家属安置、会众思想教育、会众奖惩、军师人选、扯旗与称王时间、中枢决策、金田团营等，洪秀全、冯云山俱听命于“天兄”，而“天父”杨秀清名义上虽高于“天兄”萧朝贵，实际上处于边缘地位。萧朝贵、韦昌辉垄断了整个“上帝会”决策的形成、传输、执行过程，直到萧朝贵在水窦村之战负重伤及永安封王、正式确立杨秀清“一人之下、万人之上”的地位为止。因此有学者称这一时期是太平天国史上的“萧朝贵时代”。

萧朝贵在太平天国早期领袖中以骁勇善战著称，他“遇战当先”，被清朝称为“凶悍首逆”。太平天国初期的许多战事，他大都参与，其中他参与指挥的有以下三场大捷：

萧朝贵自幼生活困苦，目不识丁，对文化和读书人有轻蔑和排斥的一面。萧朝贵曾假托天兄传旨故意试探洪秀全：“他二人（杨、萧）又不识得多字墨，云山、韦正方扶得尔也。”洪秀全被逼无奈，只得承认：“秀清、朝贵乃真十分帮手。”他曾假托“天兄”下凡指示洪秀全：“孔丘被天父发令捆绑鞭打，他还在天父面前及朕面前跪得少么？他从前下凡教导人之书，虽亦有合真道，但差错甚多。到太平时，一概要焚烧矣。孔丘亦是好人，今准他在天享福，永不准他下凡矣。”洪秀全与萧朝贵合作的《太平天日》还丰富夸大了批判孔子的情节：“天父上主皇上帝即差主同天使追孔丘，将孔丘捆绑解见天父上主皇上帝；天父上主皇上帝怒甚，命天使鞭挞他。孔丘跪在天兄基督前再三讨饶，鞭挞甚多，孔丘哀求不己。”

太平天国曾有一场关于龙的长期论争，争论的双方便是萧朝贵和杨秀清。萧朝贵曾借天兄指出：“洪秀全胞弟，星宿说及龙妖，尔还不觉乎？海龙就是妖魔头，凡间所说阎罗妖正是他，总是他变身，缠捉凡间人灵魂。尔当前升高天，同天兵天将战逐这个四方头红眼睛妖魔头，就是他。”萧朝贵确定了萧朝贵时代太平天国对龙的否定态度，洪秀全根据“龙是妖”的指示，把一切龙概贬为妖。但定都天京后，在杨秀清的主张下，恢复了龙的尊贵地位。

太平天国建国后，杨秀清和萧朝贵的矛盾日益凸显。太平天国辛开元年（1851年，清咸丰元年）三月十八日，因有人告发杨秀清的岳父陈来偷了罗大纲亡妻的金戒指一只、银牙签一副，萧朝贵遂以“天兄”身份下凡，传讯陈来，一日之内五次下凡接连讯问，迫使陈来认罪。后来陈来之子陈得桂到天兄面前求情，天兄说：“尔求得天父下凡，托秀清口出讲准赦，朕就准也。”萧朝贵把陈来的生死大权转交杨秀清，实际欲使杨秀清陷入两难之地，最后杨秀清被迫处死了岳父陈来。

一些野史记载萧朝贵的父亲萧玉胜在行军途中与其妻同居，犯了太平天国的男女分居之罪，萧朝贵与杨秀清商议后决定处死萧玉胜及其妻，并对众人说：“父母苟合是犯天条，不遵天令者，不足为父母也。”也有学者认为真相是杨秀清逼迫萧朝贵处死萧玉胜。

周家少爷是武宣城的富家子弟，喜欢寻欢作乐。有一次，他调戏了一位挑水的漂亮姑娘，被萧朝贵指责他仗着富有而妄为。周少爷因此对萧朝贵怀恨在心，并常常身边带着两个打手，想给他一个教训。一天，萧朝贵从河边挑柴回来，周少爷和他的打手冲上前来。萧朝贵将周少爷按倒在地，并痛打了他一顿。周少爷求饶后被放走，但此事被报告给了官方。追捕令下达，官员要来抓捕萧朝贵。于是，萧朝贵匆忙逃离城市，逃往深山。

洪秀全听说紫荆山上有一位靠砍柴和烧炭为生的勇士萧朝贵，决定亲自前去拜访。在严寒的天气中，他来到双山，并在砍柴后得知了萧朝贵的消息。由于天色已晚，风声传不过去，所以他决定在山上留宿。第二天清晨，洪秀全爬上竹蒿坳解开衣服唱歌消暑，这时看到一个壮汉背着一担野猪肉爬山而过，他知道那人就是萧朝贵，并且得知他明天会再来。洪秀全和砍柴的大伯来到炭窑边，一边烧炭一边聊天，一直聊到天亮。突然听到远处传来虎吼声，洪秀全拔出刀子冲出去，看到前方芒草摇动，举刀准备上前，但发现是萧朝贵现身。三人一起合力将猛虎打死。大伯介绍两人认识后，他们一路上讨论杀妖除魔、创建天国等事宜。

一个名叫韦老三的民众被财主打死，萧朝贵对待韦老三的母亲韦老奶就像对待自己的母亲一样。韦老奶认为长期分发粮食救济穷人并不是长久之计，应该分配土地给穷人才是最好的办法，于是她邀请了几十人一起去见天王洪秀全。在半路上，他们遇到了天王洪秀全乘轿而来，天王命令他们跪在路边回避，不准察告，否则就是违反天条。韦老奶去找萧朝贵，正好洪秀全的侍官来接萧朝贵去看戏，请他到门外上轿。萧朝贵拿起一根大木棒，打断了轿杠，说不喜欢这种虚伪的场面。东王杨秀清责备他太过放肆，洪秀全也指责他不应该砸轿。萧朝贵拿出了韦老奶的土地，要求洪秀全分配土地给穷人，而不是贪图享受和讲排场。洪秀全拾起落在地上的天王袍子给萧朝贵披上，还取消了侍官请他上轿去看戏的安排，并要求侍官告诉东王，废除坐轿和回避等规章制度。

萧朝贵在一次领兵打前锋的战役中，他希望在天亮之前赶到妙皇吁。他将100名士兵分成了前、中、后三队。自己领着中队，在清晨四更天的时候走过了一座木桥。在桥底听到了呻吟声，发现一个受伤的前军士兵。于是他决定亲自背起这名士兵，但士兵不同意，要他快去领兵追杀敌人。于是萧朝贵上了桥，命令女副将军率队追杀清军，自己则将头巾扎低，背起伤兵，急速前往前线。萧朝贵挥舞着刀冲杀敌人，最终击败了清军。萧朝贵的勇敢行为被称为“双身杀敌”。

关于萧朝贵的族属，迄今没有定论，主要有三种说法：

萧朝贵的籍贯有广西武宣和桂平两种说法。武宣说出自《李秀成自述》《平定粤寇纪略陆仰渊根据1956年广西文史调查团在广西东部各县的实地调查与自己在1973、1974年调查所得武宣东乡下武兰村萧朝贵后人罗勇的口述，进一步确认“萧朝贵的祖居不是武宣东乡下武兰村，而是早就在紫荆山内平隘山居住”。

关于萧朝贵的生年，清朝的奏报及《贼情汇纂》等多种史料均记载战死时三十余岁，故一般推测他生于嘉庆二十五年（1820年）。但也有《镜山野史》记载他战死时二十余岁、《长白清供单》伦敦不列颠博物馆抄本记载二十四岁。学者刘晨根据《天兄圣旨》中记载萧朝贵曾呼杨秀清、韦昌辉为“哥”，并且平时都是直呼韦昌辉名字，推测萧朝贵小于杨秀清且略小于韦昌辉，故认为他与韦昌辉同生于道光六年（1826年）。

学界根据《幼主封杨庆善等爵诏》确认萧朝贵的生父为蒋万兴，但根据《天兄圣旨》，萧朝贵又成了萧玉胜的儿子。因此，学界展开了对萧朝贵与萧玉胜关系的讨论。罗尔纲认为：“萧朝贵本生父蒋万兴，给萧玉胜为子。”王庆成认为很大的可能是：“蒋万兴虽是萧朝贵的生父，朝贵原姓蒋，但后来因故出继为萧玉胜之子，故改姓萧。”这种观点成为学界的主流。也有学者认为，萧朝贵系入赘至萧玉胜家，其原配为萧玉胜之女萧氏故改姓萧，萧玉胜系其岳父。

一般认为萧朝贵是一员能征善战的勇将。不过也有学者认为，萧朝贵的军事作战能力其实很平庸，只是对手往往都是无能之辈，所以造就了他的“勇将”形象。结合他的政治活动来看，相比于武将，萧朝贵更像是一名运筹帷幄的谋士。

萧朝贵死后，被曾水源等秘密埋葬于老龙潭，死讯也保密，等到洪秀全、杨秀清大部队赶到，并在九月初二日与清军展开东校场之战后，才祭奠萧朝贵（后尸体被清军掘出并戮尸）。定都天京后，洪秀全于太平天国甲寅四年（1854年，清咸丰四年）追封萧朝贵为“雨师”，后陆续追封为“太平天国传救世圣主天兄耶稣太子圣旨圣神雨右弼又正军师西王”“太平天国天朝九门御林传救世圣主先师天兄基督太子圣旨圣神雨电右弼又正军师殿前军西王”，最终定号为“天父天兄天王太平天国传救世圣主天兄基督太子圣旨圣神上帝之雨电右弼又正军师顶天扶朝纲西王”。

洪秀全将九月初九日定为“哥降节”，以纪念萧朝贵代“天兄”下凡，成为太平天国六大节日之一。

今湖南省长沙市黄兴南路劳动广场设有“萧朝贵阵亡处”标识，但有人质疑位置不当，专家也认为这个标识碑确实距萧朝贵中炮地点均有一定距离，而且中炮之后萧朝贵也并未当场阵亡。

萧朝贵故居遗址位于中国广西壮族自治区桂平市紫荆木山村的溢田屯。萧朝贵出生于武宜县束上武葡村，后搬到沙田山村，再迁居至武宣县和桂平市的交界洞，最后定居在瀑田屯。瀑田屯是一个瑶族村落，拥有五六十户人家。萧朝贵的故居遗址坐落在西面，是一座三周小屋，靠着十八山，前面有江水流经屯前。佛子路从村西通往金田村。屯的背后是杨秀清祖境，右局束王山面局炭窑，这里是长期供奉上帝、聚集烧炭和打造武器的地方。