1935年，他应聘为河南大学文学院院长，在河南大学发起组织“经世学社”。1936年，他邀请史学家范文澜到河南大学文学院任教，两人由此结下了深厚的友谊。1937年在河南大学与范文澜、嵇文甫等进步教授一起创办抗敌工作训练班，出版《经世半月刊》（后改为特刊），并印行《游击战术》一书。

1938年，萧一山转任东北大学文学院院长，后改任西北大学文学院院长。随后，大学内徙于四川三台，他被教育部聘为部聘史学科教授。1944年，萧氏正任教于内迁四川三台的东北大学，“适获休假之暇，乃尽日力以从事，成清代史约二十万言，综叙近代三百年事变之由来。”《清史大纲》就此问世。抗战胜利后，他出任北平行辕秘书长，当选为国民政府第一届监察院监察委员。

1948年冬，北平和平解放前夕，他携眷赴台。

自1950年始从事修订《清代通史》工作。在台期间，萧一山担任台湾近代史研究所专任研究员，台湾“中国史学会”监事等职，受聘于各大学讲学。并与张其昀等人共同主持“清史编纂委员会”，集中一批清史学者费时一年，将《清史稿》改编《清史》共8册，约700余万字。

1960年，他应美国国务院之邀访美。1978年，在台湾“清史档案研讨会”期间，萧一山因心脏病突发，于同年7月4日逝世，终年77岁。

萧一山读中学时，日本史学家稻叶君山所著之《清朝全史》在中国翻译出版。颇多感慨，认为中国史反出自外人之手，而国人不自研究，引为奇辱。他后来回忆说：“民国三、四年间，上海有译日本稻叶君山氏之《清朝全史》者，颇风行一时。余方读中学，以国人不自著书，而假手外人，真吾国学术界之耻也！稍长，乃埋头致力，发奋著《清代通史》。”他的同班同学张克昌教授生前回忆说：“萧一山在山西大学读书时，已经把他的精力集中到清史的研究上，每日伏案疾书，勤苦不辍，此时他已写出了《清代通史》的部分初稿。繁重的研究工作，使他心力交疲，神形憔悴，常常胃口不开，吃不下饭去，只好在粗茶淡饭中多放一些辣椒以佐食。”

1922年，在著名明清史专家朱希祖与孟森的倡导下，北大建立了内阁大库档案整理会，组织力量对清代文献进行清理。这对久有志于清史研究的萧一山来说，真是如鱼得水。他在那里夜以继日地工作着，接触了大量原始资料，诸如誊黄、敕谕、诰命、实录、会试、考卷、题本、库表等等；其内容涉及到有清一代的地丁、漕米、旗营、军饷、垦牧、河政、盐行、课税等经济、政治、军事方面的资料。这些珍藏多年的史料，大大开扩了萧一山的视野，为《清代通史》的写作提供了丰富的原始素材。他曾十分感慨地说：“清代内阁档案自拨归国立北平大学整理后，余亦躬与斯役，披阅所及，取证滋多。此虽案牍之言，实难尽信，然较之官书，胜万万矣。”通过勤苦钻研，潜心攻读，广搜史料，在两年时间里，完成了《清代通史》上卷，1923年上卷出版时，他还是一位北京大学三年级的学生。不满22岁的青年人，凭一己之力完成中国第一部体系完整的新式清代通史，史学界颇为之震动，受到许多史学前辈及孙中山先生的赞赏。

李大钊先生为《清代通史》初版写了序言。梁启超、蒋百里、蒋梦麟、日本史学家今西龙博士等先生亦为之作序。李大钊在序言中称：“萧子一山，以绩学之余，著《清代通史》一书。书成，执以示愚。愚受而读之，知其书之性质为有清一代之中国国民史。置之史学系统中，当为普通史中之记叙的国民史。取材既极宏富，而于文明及政治诸象，统摄贯通以为叙述，且合于社会诸象悉相结附不能分离之史理。余故乐为之叙，冀著者之益精厥业，以此为重作各史之先声也。”他对早期清史和清代重大历史事件的研究和考证，为清史研究的深入作了大量的奠基性工作，被人称为“清史研究第一人”。萧一山突破了以往通史编著由政府组织专人来完成的惯例，集一人之力，完成巨著，实为近代新史学的一大成就，《清代通史》既是萧一山的成名之作，也奠定了其在近代史学上的地位。洋洋四百余万言的《清代通史》足以让萧一山名垂后世。《清代通史》至今仍成为清史入门必读，学者常借助检阅之书，历久而不衰。

太平天国史料在国内已经大量散失，要恢复历史的真相，研究太平天国运动的兴衰成败，只有借助于海外保存的文档与卷宗，才能够反映轰轰烈烈的太平天国运动的真实面貌。对此萧氏本人曾举出典型的证据说：“昔曾国藩私改李秀成供状，而又焚毁太平天国公文案卷，一代史料灭于彼一人之手，即彼幕僚所撰《贼情汇纂》一书，亦不使之宣扬于世，直至今日始能印行流传。”在太平天国史料的搜集与整理过程中，他充分意识到前往欧洲去搜寻这些史料十分必要。“因不仅在近百年史上为一重要事变已，也惜乎清室禁忌太严，遗文多被毁灭，至今不过七十余年，诏书诰谕竟无存者。犹幸有一时同教异域之士为之摘拾零编，保存彼都，赖以弗坠。”

1932年南京政府以公费资助萧一山赴欧美各国考察，在英法等国图书馆和收藏中心发现了许多珍贵的太平天国史料，大多是当时国内罕见的孤本，于是广为抄录或影印，回国后再加以整理和编撰，于1935年出版了（太平天国丛书》首集、《近代秘密社会史料》《太平天国诏谕》《太平天国书翰》《英国政府有关中国文书总目》（英文本）等书。这些珍贵史料的整理出版，为后来的太平天国史研究奠定了重要基础，也确定了他在太平天国史研究领域中极其重要的地位。时任北大史学系主任的朱希祖在《太平天国丛书》序言中，尤其称赞萧一山搜集整理太平天国史料之功劳卓著。这些海外新史料的出版为当时国内史学界太平天国史的研究注入了新鲜血液，不仅如此，萧一山还强调外国资料对于研究中国历史的重要性，提醒人们留意英国政府的文书、英美外交档案、日俄法的档案及外国人的著作。

萧一山深受中国传统文化的浸润，具有深厚的国掌根基，对又化有独到的见解。他引用易经“见龙在田，文明也；文明以止，人文也；观夫人也，以化成天下”，认为“凡文事的发明，称为文明，有关人事的文明，称为人文，而以人文理则感化天下，化成天下所累积凝结的成果，才是文化。”他解释说“中国人讲文化，日本人讲武化，西方人讲物化。因为日人讲究武士化，西人重视物质化，而中国则数千年历史的全貌就是‘以文化天下’。反对‘以力服人’，反对斗争，反对以武统治天下；中华文化的根源思想在此。”

萧一山幼年时代受家乡两位抗清义士事迹的激励，萌发了民族主义意识。大学时代，他激愤于日本人所著的清史著作中对中国人民族感情的蔑视，乃发愤写作《清代通史》。抗战时期开始提倡民族革命史观，他说：“中国近三百年来，四万万民众，朝朝暮暮，都在民族解放复兴运动中过日子。”在《中国近代史的中心问题》中进一步谈到：“三百年来之中国近代社会，整个受中国民族革命之支配，一切皆依其为枢纽而变动，迄于今日，仍处此一大变局中而未已，吾人何为乐此革命而不疲耶？乃因帝国主义者之侵略压迫，使我不得自由与平等耳。抵抗为人类的天性，岂不可努力自救哉?至帝国主义者以其政治文化经济之压力，侵凌中国，方面虽多，对象虽杂，若撷其大体则可分为三个阶段，而吾民族革命之目的与行动，数百年来，始终一贯。唯领导人物及口号随时代而不同。”民族革命史观构成其史学思想的核心。

萧一山以民族主义作为评价历史的重要标准。他称天地会是近代民族主义的开山鼻祖，推崇洪秀全领导的太平天国农民起义，把义和团运动看成一种民族自觉。萧一山提倡民族革命史观，目的是唤醒中华民族的自信心，为团结抗日，挽救危局而摇旗呐喊。

九·一八事变后，萧一山哀于国势日蹙，大力提倡“经世”之学，呼吁抗战救亡。关于“经世”的确切涵义，他曾著有专文《经世释义》加以阐释。所谓“经世”，也就是中国古书中所说的“经济”，亦即“经国济民”之意。这和我们今天常用的“经济”一词，涵义不同。萧先生喜谈“经世”，他创办的期刊，报纸、学社等，大都以“经世”命名。如：《经世半月刊》《经世战时特刊》《经世日报》《经世丛书》、经世学社等等。他在南京创刊《经世》半月刊时，在发刊词中写道：“不应再受汉学遗毒，饭订补苴，和宋学遗毒，高谈静坐。要负起经世之志，谈经世之务，拿道德文化力量和应用科学的知识来维系社会，照顾人生。”指出文字堆砌的纸上谈兵和高谈阔论的空话连篇，都是无补于时艰的。并积极号召他的学友杨兆龙、黄现璠、范文澜等教授相继投稿或参与其办报组社之中。他主张书斋之革命须与社会之革命同步进行。强烈的“经世”精神，使他敢于突破“为学问而学问”的藩篱，最终形成贯通历史与现实的学术体系。

萧一山对经世之学有深刻的体认，把它解释成“古代所说的大学”，即“通贯的学问’，“大学以中庸为体，以经世为用互相配合，乃成一体。”而“历史就是载诸空言—明道，见诸行事—政治的经世大典，”所以，“经世学的体是历史和哲学，用是政治和经济，目的是治国平天下。”萧一山极力赞扬顾炎武，黄宗羲、王夫之等“负经世之志”的学者，自己也身体力行，投身于济世安民的实践。

文化理想、民族主义、经世之志是三个不可分割的方面，统一于萧一山治史的实践之中。民族主义是史学的灵魂，史学是经世之学的基础，作为一个民族主义史学家，他的史学著作“其立论均以探讨中国文化源流，阐扬我国古代经世致用之学为本。”正如他在民族文化概论导言里说：“我最初发表这些论文的时候，原来有一个中心思想，就是阐发民族的潜德幽光，抉出文化的微言大义，叙述国民革命的历史背景，昭示三民主义的哲学根据。”

作为学术大师，萧一山先生倾一生精力于清史研究，不仅先后在国内多所高校主讲清史，而且写成了国内第一部《清代通史》。其对太平天国史的研究也贡献卓著，先后著成《近代秘密社会史料》《太平天国起义记》等书。

萧一山学贯中西、博古通今，著有《关于中国的大英政府文书总目》《清代学者生卒及著述表》《中国近代史概要》《清史大纲》《曾国藩传》等几十部专著，论文几百篇。其一生秉承“经世致用”之宗旨，致力于借古鉴今。在史学方面，他非常注重对史料的搜集、整理、鉴别和考证，但反对停留在考据阶段，学无所用。

萧一山从教50余年，为海峡两岸培养了一大批优秀人才，如在清华执教期间被誉为文学院四才子的钱钟书、吴晗、夏鼐、张荫麟等均是他的学生。又如在北京师范大学任教时，后来成为中国现代历史学家、民族学家、人类学家和教育家的黄现璠也曾是他的高足。

抗日战争开始后，萧一山在西北联大任文学院长，并取得国民参政员头衔。1943年，李宗仁任汉中行营主任时，萧一山正执教西大，经过同乡、青年军二0六师师长方先觉的介绍，认识了李宗仁。李宗仁待人颇为诚恳，没有什么官僚架子，一般地方人士，对李都有好感。李因萧表示鄙视蒋介石，就引为知己。李氏莅临北平伊始，萧一山便将故都的知名教授学者介绍给了这位军政大员，并在中南海建立了“教授双周座谈会”。李宗仁是一位颇具心胸的人物，对学者们无不竭诚接待，揖让相见。如北大胡适之、清华甘介侯等，都是李宗仁的座上常客。随后，李宗仁敦请萧一山任秘书长，萧感戴知遇，欣然拜命。1946年初，在李宗仁的授意下，萧一山在北平创办了一份对开大报《经世日报》。由李宗仁担任报社董事长，萧一山任报社社长。1960年，萧一山到美讲学。时李宗仁居美有年，外传李宗仁有回大陆定居之意，美、台方面便对李氏加强监视，一时间李氏住宅亲友却步，门可罗雀。而先生不顾环境险恶与外界阻挠，毅然走访了李宗仁，使李氏大有“人生一死浑闲事，裂眦穿胸不汝忘”之感。后李终于冲破艰险回到大陆，他在自己的《回忆录》中写道：“我和一山是终身的朋友。”足见两人的深厚友谊。唐代诗人王昌龄“青山一道同云雨，明月何曾是两乡”的诗句，似可一状此情了。

萧一山对青年人的提携爱护与激励自不待言，他的学生和学友数不胜数。其中，他与学生黄现璠的关系颇为有趣。黄现璠比萧一山大三岁，由于黄现璠家贫，上学较晚。黄氏于1926年在北京师范大学读书时，萧一山已在北京师范大学兼课，成了黄现璠的老师。黄现璠四年本科期间，因生活困难，需课余时间去谋职助学，恰好萧一山创办“北平文史政治学院”，聘用黄现璠为老师。黄氏即在该学院干了三年，与萧一山交往日深。其后，萧一山创办《经世半月刊》《经世丛书》时，都有邀请黄现璠投稿。两人虽不在同地，但始终有书信来往直到萧一山去台。他们的关系也可是亦师亦友的关系。萧一山被学人誉为清史研究的开拓者和奠基人之一，黄现璠有”中国现代民族学奠基人之一和壮史研究第一人”等称。两人都在学术上作出巨大的贡献。他们这种少见的师友关系也算传奇。

父亲：萧文彬，塾师，略通经史以教读为业。