明武宗正德2年(1507年)，领安吉州、孝丰、乌程、归安、长兴、德清、武康县，升安吉县为安吉州，领孝丰一县，仍隶湖州府。清高宗乾隆39年(1774年)，改安吉州为安吉县，与孝丰县并入湖州府。至此湖州府到清末管辖归安（县治在今浙江省湖州市东南部）、乌程（县治在今浙江省湖州市西北部）、长兴（今浙江省长兴县）、德清（县治在今浙江省德清县乾元镇）、武康（县治在今浙江省德清县城武康镇）、安吉（县治在今浙江省安吉县安城村）、孝丰（县治在今浙江省安吉县孝丰镇）共7县。府治归安、乌程。