方山植被繁茂，山体区域植被覆盖面高，除大面积的茶木外，另有榆树、栗树、檀树、桨王树、榉树等繁多树种的葱郁林木，生态环境良好。方山最初植被较少，随着火山喷发的火山灰、熔岩及其他物质经风化后，便成为肥沃的土壤，以及气候湿润，植被慢慢茂盛起来，方山植被由野生林和人工林组成。

方山所在区域共有维管植物369种，分布于102科、260属，其中木本植物118种，草本植物（包括藤本）共251种，单子叶植物44种，双子叶313种，裸子植物6种，蕨类植物6种。

方山植物种属数大于20的科有菊科和禾本科，各科属数分别为24和20，共占种属数的16.92%。含属数在10—20的科有豆科含16个属、蔷薇科含11个属、唇形科含10个属，共占种属数的14.23%。含属数在2—10的科有37个科，其中大于5的科有百合科、伞形科、葡萄科、茜草科、十字花科。属数在3—4的科有大戟科、木犀科、茄科、莎草科等19个科。属数小于3的科有藜科、楝科、鳞毛蕨科、马兜铃科等13个科，共占总属数的45.77%。其余含属数为1的科共有60余科，分别有芭蕉科、车前草科、椴树科、海金沙科、金丝桃科等，此类科的数量虽然很小，但其属数占总属数达23.08%。

南京方山分布有昆虫高丽嗡蜣螂、臭蜉金龟，属于中国新记录昆虫物种。还分布有野生的狐狸、野猪等哺乳动物。同时方山也是野生苍鹰越冬栖息的地方。

方山之西坡出露一套砂砾岩，细砂岩、泥岩组成的岩层，地质学上称“洞玄观组”。它与南京地区产有雨花石的雨花台组年代相当，为当时的河流中卵石与泥沙沉积而成。这套砂砾岩中发现了安琪马化石。同时，洞玄观组砂砾岩中还发现了老鼠化石，并命名为“南京稀古仓鼠化石”。

【主词条：方山风景区】

方山建有方山风景区，别名江苏江宁方山国家地质公园（方山园区）。方山风景区为中国国家AAA级旅游景区、国家级地质公园、国家级科普教育基地、江苏省级森林公园和南京市级旅游度假区。方山景区分布有定林寺、樱花谷、天印宫花园、石龙池、十八盘、白龙凹、祖龙顶、岳王台、王僧辩墓、天坛、南天门、马皇后敬香亭、金陵贾府（曹雪芹）祖茔、蒋介石自选墓地、火山口、海慧寺遗址、国民党东方马基诺防线地下指挥所、葛仙悟真台、洞玄观、达摩面壁崖、宝积庵遗址、八卦泉等景点，方山与山脚蜿蜒流淌的九曲秦淮一起，组成了集山、水、林、寺、观为一体的风光带。

方山地理上属于宁镇山脉西段。宁镇山脉为南京、镇江间低山丘陵的总称。在长江南岸，西起南京市江宁区青龙山和南京市幕府山，经句容、丹徒、镇江、丹阳境，东止于常州武进区孟河镇黄山。绵延100千米，一般海拔200—400米，最高峰为钟山（紫金山）北高峰，海拔448米。西段较宽，以低山为主；东段较窄，以丘陵为主。

方山因山体呈方形，山顶平坦，因此得名方山。又因为方山犹如一枚玉印从天而降，故别称“天印山”。

方山分布有定林寺塔、洞玄观、东霞寺、宝积庵、孙权点将台、石龙池、洗药池、王僧辩墓、韩熙载墓、柳世隆墓等一百多处遗迹点。

方山是一座宗教名山，因为道教开教祖师“二葛三张”中的葛玄创立洞玄观于山南，葛洪后来又在此隐修，故有特殊地位。唐贞观六年（632年），还并栖岩观于方山洞玄观，扩大了它的规模。明朝时，洞玄观属朝天宫管辖。明正统十二年（1447年），曾受赐《道藏》一部。民国始废，是中国历史最悠久的道观之一。方山佛教的开发晚于道教，可考的最早寺庙在宋代。佛教寺庙中，最有名的是南宋时由钟山迁来的六朝名刹定林寺，建于南朝宋景平二年（423年）。到了明、清时期因香火旺盛，随着庙舍不断增建而规模宏大。

传说秦始皇东巡江南经过秣陵（今南京）时，因见前方金光闪闪、紫气蒸腾，便询问身边的大臣。善于望气的随行大臣徐市建议秦始皇：“凿石垄、断山根、鞭方山以碎天印，才能永保大秦千秋功业。”秦始皇听后带着一根神鞭，单骑独马驰到方山脚下，抽出神鞭对山腰猛击，把方山上半截打出去30多里，落在东南方的大湖中心，因山通体赤色，后人叫作“赤山”；秦始皇收回神鞭时，落下的土，分别形成了“土山”和“竹山”。而鞭后的方山顶上平平整整、四四方方，故称为“方山”。由于天印通体红色，故飞出去的赤山和剩下的方山均有红土。传说用方山红土腌制出来的鸡蛋、鸭蛋非常好吃，这是因为红土含铁较高。甚至还有传说，方山红土有止血作用，身上若有创伤，用在砂岩上剔下来的石粉敷在伤口上，能消痛止血。

传说有一天，天上的玉皇大帝闲暇无事，正在无意识地把玩自己的金印。谁知一不小心，金印掉到脚下，未等弯腰拾起，金印又骨碌碌落下凡尘，不偏不倚正掉在今方山这个方位上，化为一座大山。玉帝本想派天兵天将将这颗金印收回，但转念一想，自己贵为天帝而丢了大印，若传了出去，岂不惹人笑话？他于是将错就错，传下圣旨说：“而今天下太平，金印闲置无用，朕赐金印下凡，为水乡泽国增添一个山景吧。”同时，他又派殿前侍卫青龙、黄龙下凡看守，防止金印被人偷去。金印下凡形成天印山，双龙下凡使天印山上长出一个圆圆印钮，钮上盘着两条龙，一南一北，昂首窥视着过往行人。而山外四周仍是水乡泽国，这就是人们所说的龙藏浦。之所以天印山以外的大片土地都是黑泥灰土，唯有山脚周围却是红色土壤，据说便是粘在印底下的红印泥。

方山洞玄观组地层中发现安琪马、南京稀古仓鼠等化石，在中国地层年代对比中具有大区域性对比意义。它们分别代表方山火山和火山喷发之前的地理环境。在此之前，中国南方及长江流域还没有发现过含有中新世化石的地层，因此安琪马化石标本在方山的发现具有地层与古生物研究意义。而仓鼠化石在北美、尤其是欧洲较多，是欧洲地层划分中的重要化石。在中国山西（上始新统）、甘肃西部（渐新世）、内蒙（上新统）中国仓鼠化石更多，但只有在中新世时期，中国尚无此类化石的确切报道。方山的标本刚好填补了这一重要环节，对中国或中亚地区仓鼠进化过程的研究具有相应的作用。

2017年，南京市江宁高新区实施方山火山地貌生态保护修复，围绕消除地质灾害隐患、地貌重塑、生境重构、植被恢复和生物多样性重组等全方位开展生态重建。江宁高新区优选本地植被，种植朴树、栾树等本地乔木2700株，以及海桐、火棘、爬行卫矛等本地灌木面积9500平方米，播撒草籽，让受损山体复绿。同时方山火山地貌生态保护修复过程中，还积极变废为宝，充分利用治理废材和治理痕迹，把具有方山火山地貌特征的棕红色气孔状玄武岩资源化利用，作为休憩地面的拼接材料。

2020年，南京市江宁区农业农村局（林业局）在包括方山在内的江宁全区重点区域，集中竖立8块野生动物宣传展板。通过悬挂横幅、张贴海报、摆放宣传展板、发放野生动物保护宣传手册等多种方式广泛宣传野生动物保护工作。

方山所在的南京江宁为南京茶叶的主要产区之一，茶园面积4万多亩，年产茶叶500多吨，其中就包括方山产出的方山紫雾茶。南京的江宁区茶叶协会还设计了“天印问茶”路线，从方山脚下至祖龙顶，沿着这条路线可以了解到本地茶文化的发展历程。