1990年，出版中短篇小说集《夏天酸溜溜的日子》。

1991年，出版中短篇小说集《风马之耀》。

1992年，由其创作的中短篇小说集《西藏，隐秘岁月》出版。

1993年，创作长篇小说《骚动的香巴拉》，该小说主要以1959年西藏民主改革和十年动乱为时代背景，描绘了各阶层人物的思想动态和行为表现。1994年8月，开始担任西藏作家协会主席；同年，出版中短篇小说集《风马之耀》；随后，扎西达娃获得中国作家协会“庄重文文学奖”。

1995年，由其作词、编导、创意、制片的MTV电视音乐《向往神鹰》获得中国MTV音乐电视金奖”第一名，该歌曲是电视剧《西部的天空》的主题曲。

1999年，出版中短篇小说集《扎西达娃小说选》。

2000年，担任剧情电影《益西卓玛》的编剧，他凭借该片获得第20届中国电影金鸡奖最佳剧本特别奖；同年，创作长篇游记《古海蓝经幡》。

2003年，由其创作的电影文学剧本《岗底斯》获得台湾地区最高行政机构新闻局颁发的“九十二年优良电影剧本征选──优等剧本奖”；8月，开始担任西藏自治区文联副主席。

2004年，主演由马原自编自导的剧情电影《死亡诗意》。2007年，担任纪录片《天上西藏》的编剧。

2008年，担任爱情电影《冈拉梅朵》的编剧，该片讲述了失声女歌手安羽在神秘梦境的指引下，前往西藏寻找自己丢失的声音，却邂逅了宿命般的爱情。

2010年，担任爱情电影《西藏往事》的编剧，该片根据他的小说《香巴拉的猫》改编。

2011年6月，开始担任西藏自治区文联主席；同年，出版小说集《扎西达娃小说集》。

2012年，与孙小茹联合担任电影《岗底斯》的编剧。

2016年，担任中国文学艺术界联合会第10届全委会委员；同年，担任文艺电影《皮绳上的魂》的编剧，该片改编自他的短篇小说《西藏，系在皮绳结上的魂》和《去拉萨的路上》，该片入围第53届台湾电影金马奖最佳改编剧本奖。

2017年，与尼玛扎堆、杨培联合出演剧情电影《冈仁波齐》。

2018年1月29日，担任中国人民政治协商会议西藏自治区第11届委员会副主席；5月，担任中国作家协会第9届全国委员会委员；10月26日，担任编剧的剧情电影《阿拉姜色》上映，该片由松太加执导，他凭借该片获得第2届编剧嘉年华年度关注电影编剧奖、第21届上海国际电影节主竞赛单元-最佳编剧奖。

2019年4月26日，凭借电影《阿拉姜色》获得2018年度导演协会年度编剧奖。

2021年12月16日，中国作家协会第十次全国代表大会第四次全体会议选举产生，扎西达娃任中国作家协会第十届全国委员会委员。

2022年3月，中国作家协会少数民族文学委员会副主任。

2023年1月，政协第十二届西藏自治区委员会副主席。

第十三届全国政协委员，第十四届全国政协委员、常委，政协第十二届西藏自治区委员会委员。

2023年1月15日，政协第十二届西藏自治区委员会第一次会议举行第三次全体会议，扎西达娃当选为政协第十二届西藏自治区委员会副主席。

2023年1月17日，政协第十三届全国委员会常务委员会第二十五次会议通过，扎西达娃当选全国委员会委员。

扎西达娃新时期小说的叙事中，叙事时空受到了传统文化的核心———宗教因素的影响。宗教时空观体现在小说叙事中，主要表现为：预叙的大量应用、时间轮回现象、神性空间在文本中的出现，以及时空跳跃的现象。这种叙事的方式体现了宗教对少数民族文学叙事手法的渗透，使文本呈现出了与汉族文学作品不同的叙事特点（《内蒙古民族大学学报》评）。

扎西达娃一直试图通过他的笔记录着西藏这个神奇世界。在扎西达娃的小说里，西藏的荒诞和魔幻首先来源于藏族别具特色的本土文化。他从民间立场出发进入到藏族的宗教历史文化的内里，将神话传说与现代生活、虚幻与现实、民间文化传统与风土民情融合到一起，在展示西藏神秘的生活、神奇的自然环境及独特的民族文化中描绘出一幅幅充满神秘意味的似真似幻的西藏生活图景（国际在线评）。

在扎西达娃前期的小说作品中，民俗仪式及其世象是作者反思藏族文化传统的主要切入点。但是，扎西达娃这一时期的小说作品还是有较大的缺憾，集中体现在对文化的批判简单化、片面化，对藏族的文化传统和精神的理解并不深入。在小说《西藏，隐秘岁月》中，他真正把握了藏族文化，主动地将结构与藏传佛教的轮回观念结合起来。这是一种象征，是扎西达娃思想和情感的展露，也体现了作者庄严的仪式性写作态度———写作即是朝拜（《浙江工商大学学报》评）。