故事发生在战国时代，出生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎（加藤清史郎饰），肩负着父母的期望进入了一流忍者学校——忍术学园学习。该学园最早由天才忍者大川平次涡正（平干二朗饰）创立，如今他虽年事已高，却仍然武功高超，而且搞怪不断。他更带领忍者学园与死对头稗田八方斋（松方弘树饰）展开了连番激斗。忍术学园的学生们被称为“忍者之蛋”（简称“忍蛋”），乱太郎被编入一年叶组，在此他结识了富商之子新兵卫（木村风太饰）和父母双双阵亡的雾丸（林辽威饰），三个小家伙结成了情深意笃的三人组，从此开始了他们充满补习、重考和各种失败的快乐学校生活。

某一天，四年叶组出身于理发世家的齐藤鹰丸（沟口琢矢饰）和父亲齐藤幸隆（鹿贺丈史饰）在家中遭到刺客万寿鸟（竹中直人饰）、土寿鸟（石垣佑磨饰）的袭击。原来，齐藤父子曾是八方斋麾下毒竹忍者队的成员，虽然早已脱离了这个邪恶的组织，但是忍者队还是紧追不舍，誓要取齐藤父子的性命。在这危急关头，园长和八方斋约定了一场对决，只要忍术学园能够冲入毒竹山敲响打鸣寺的大钟，忍者队就彻底放弃齐藤父子。正所谓初生牛犊不怕虎，一年级的小忍蛋们，在高年级生的支持下决定挑战这个困难而危险的对决。