方城之后就是宝城宝顶，正面石壁上横刻“此山明太祖之墓”七个楷书大字。据说这七个字刻于民国初年，用以回答游人的询问、宝城是一座环绕圆丘的封闭性城垣建筑，平面作不规则圆形，直径325米到400米，四周砖墙周长 1000多米，墙壁以条石作基础，高度约7米。宝城内中部隆起，坟匠利用独龙阜山岗的自然形态，依山就势而筑。考古调查发现，坟丘上面加筑了卵石层，以防雨水冲刷，同时亦可防盗。宝城中部为坟头，称宝顶，宝顶外侧开挖了排水沟渠，局部地区还加砌了沟渠石岸。宝顶之上，树木参天，其下即是朱元璋与马皇后埋葬的地方，建有和北京定陵类似的整套地宫建筑。

考古工作者采用精密磁测技术进行勘探，证明在宝城下建有玄宫。但墓道未沿玄宫中轴线开凿，而是偏于宝城东南一侧，墓道宽约8米，长约120多米。经地表调查发现，在墓道入口处，宝城城垣明显下陷，外口部则有石板叠砌的痕迹。