元卿生於仕宦世家，家学相承，勤奋读书，熟习经史。孝宗淳熙八年（1181），以《诗经》赴京春闱，中了进士。从此进入仕途，初授太学正，太学是国家高级学堂，孙元卿学识渊博，老诚练达，声誉很高。光宗绍熙四年（1193），朝廷选调他为武学博士，兼教孙吴兵法。下敕书任命，文曰:“太学正孙元卿调武学博士敕，具官孙某，昔者干龠皆学於东序，而《狸首》、《驺虞》皆乐师所以教国子也。尔以文行，简在东胶，誉处盛矣，推所讲明，施及右学，将见诸生不但习孙吴而已，则朕之所以用汝也。可。绍熙四年闰十月二十五日”。这是宋代对官员升调的一张敕书，在乐清来说，真是难能可得的一宗文献资料。（采自陈傅良《止斋集》）。

这道敕书，用现代的话来，其意思大略是:朝廷任命在职的官员，古代的干舞和龠舞都在东面的太学中学习，而《狸首》、《驺虞》这两篇乐曲是乐师教给学生唱的。你因为文学品行很好，所以简选你在东面的太学中任职，你的声誉远播，推举你的教学明析，应该把你的学识转到武学中去，使人们可以看到武学学生不但只学习孙子兵法，还要习文学，这是我所以重用你。