孔胤植生于明神宗万历二十年十一月十四日（1592年12月17日）丑时，是太学生孔尚坦与夫人吴氏的独生子。

明熹宗天启二年（1622年7月2日），正式由明熹宗天启皇帝获准袭封衍圣公。天启七年(1627年)，加太子太保；崇祯三年(1630年)，晋太子太傅。

顺治元年九月初一(1644年)，孔胤植上《初进表文》 表示自己愿意归诚清朝的意愿：

顺治二年(1645)，朝廷颁布剃发令，孔胤植率领族众威望族人率先剃发，并向清廷上奏了《剃头奏折》。

清朝对历史上所沿袭下来的对孔家种种优待“俱应相沿”并“期于优渥”。孔胤植凡进京朝见，皇帝都遣迎劳，入朝，班列大学士之上。顺治三年(1646年)，在都城太仆寺街赐第一座，计门、厅、楼、房一百多间。这就是北京的衍圣公府。孔胤植在顺治四年十二月十五日（1648年1月9日）酉时过世，享年56岁。