南北朝统一之后，后龟山居住在大觉寺里，时人称之为“大觉寺殿”或“南主”，享受室町幕府的优待。明德5年（1394年）2月4日初次同足利义满在天龙寺会面，结果同月23日接受了“不登极帝”和“太上天皇”的尊号。在此之前，北朝的光明天皇曾向南朝的后醍醐天皇上“太上天皇”的尊号，因此这仅仅是幕府让原北朝和原南朝双方势力都保持各自体面的苦肉计。

应永4年（1397年）11月27日，后龟山辞退了自己的尊号和兵仗，足利义满也没有提出异议。此后后龟山出家，法号金刚心，过上了隐居的生活。身边只有阿野实为、公为父子以及六条时熙等亲近的公卿侍奉，吉田兼熙、兼敦父子在身边进讲神道。

应永17年（1410年）11月27日，由于室町幕府违反了明德和约中两统迭立（由南朝系大觉寺统和北朝系持明院统交替继承皇位）的条件，准备立后小松天皇的儿子躬仁亲王为太子；后龟山突然出奔嵯峨，秘密临幸吉野，欲召集旧南朝势力以示抗议。此后，后龟山法皇过着贫穷的生活。然而1412年躬仁亲王登基，成为称光天皇。1415年伊势国司北畠满雅发动叛乱，反对幕府。在上野亲王（后龟山法皇的弟弟）的调停下，北畠停止了进攻，后龟山法皇同幕府达成和解。翌年，室町幕府认为将后龟山法皇安置在吉野十分危险，在广桥兼宣的交涉下，法皇回到了京都大觉寺。应永31年（1424年）4月12日，在这个电闪雷鸣的夜晚，后龟山法皇驾崩于大觉寺。享年75岁或78岁。

小仓宫家是后龟山法皇的嫡系后代。法皇在临终前要求自己的儿子小仓宫恒敦继承自己的遗志，从持明院统（北朝系）手中夺回皇位。后龟山的后代先后自称天皇，是为后南朝运动。

明治44年（1911年），日本政府宣布了南朝一系为正统，后龟山天皇被当作日本历史上的第99代天皇。

后龟山天皇（後亀山天皇 ごかめやまてんのう），生于1350年（正平5年/贞和6年），去世于1424年5月10日 （应永31年4月12日），是日本第99代天皇，也是是日本南北朝时代，南朝第四任，也是最后一任天皇。在位：1383年末（弘和3年/永德3年—1392年11月19日元中9年/明德3年闰10月5日）讳熙成（ひろなり），父亲是后村上天皇，母亲是阿野实为的女儿。后龟山是长庆天皇的弟弟，弘和三年（1383）长庆天皇让位，后龟山登上南朝天皇的宝座，在位九年之后于明德三年（1392）闰十月以立其子小仓宫实仁亲王为下一任储君为条件，带着象征天皇权利的三神器，离开了吉野行宫。自此结束了日本“一天两帝南北京”的分裂局面（持续57年）。

长庆天皇的让位与后龟山天皇的即位乃是南朝武断派势力削减，和平推进势力抬头的结果。后龟山天皇的天皇文书以及发布的纶旨现存大约二十余件，从中可以大致了解到后龟山时期南朝势力仅仅局限于河内、大和的山地之间，支持南朝的也只剩下少数僧侣与武士了。与前代长庆天皇时期相比，南朝的基盘急遽弱化，仿佛风中之烛，灭亡只在旦夕之间。

南朝由于势力的衰退，夺取京都、对抗室町幕府支持的北朝已经是一个不可能完成的任务了，主张与北朝和平合体的合议派势力逐渐主宰了南朝政治的主流，南北朝的合体已经成了历史的必然。南北合体的实质是朝权贵族向室町幕府的武家政权屈服，被武家把持的北朝所吸收。

由于南北合体很大程度上是室町幕府将军足利义满的谋略结果，合体过程中达成的许多协议事后被幕府所漠视，两统迭立的原则也被放弃。愤懑的旧南朝势力在之后的九十年间一直在为恢复南朝的尊荣而进行苦难的抵抗，这些不平的反抗者一般被称之为后南朝势力。

后村上天皇第二皇子。母为阿野实为的女儿，是否与嘉喜门院是同一人无法确定。

后妃皆不详。唯能从第一手史料中确定的是他的其中一位皇子。

近世日本的南朝系图中列举了以下后妃和皇子皇女，但多同长庆天皇的后妃、皇子皇女相混淆，因此可信度不高。

女御：藤原（二条）教子 -二条教基女

典侍：藤原（日野）邦子（权典侍局） -日野邦光女

母不详

南北朝天皇世系图

〔北朝〕

〔南朝〕