据2024年3月南京地铁官网显示，南京站的相邻车站如下所示：

南京站1号线车站为地下二层岛式车站，地下一层为站厅，地下二层为站台。南京站3号线车站为地下四层平行双岛车站，未来将与南京地铁9号线同台换乘，3号线轨道在中间，9号线轨道在两侧。

1号线换乘3号线：乘坐1号线的乘客下车后，前往站台北端电扶梯上楼至北站厅，通过北站厅的换乘通道至3号线南京站的站厅，再下楼至3号线南京站的站台乘车。

3号线换乘1号线：乘坐3号线的乘客下车后，通过电扶梯上楼至站厅，通过站厅中部的换乘通道，至1号线南京站的北站厅，再下楼至1号线南京站的站台乘车。

据2024年3月南京地铁官网显示，南京站各线路运营时间如下所示。

2014年10月7日，南京站客流量突破12万人次。

2017年10月1日下午5点前，南京站客流量超过6万人次。

截至2020年12月，铁路南京站位于地铁南京站上方，旅客可经铁路南京站换乘普铁或高速动车组列车。途经南京站的铁路线路为京沪铁路、宁芜铁路、宁西铁路、宁启铁路、沪宁城际铁路。

截至2020年12月，南京汽车客运站位于南京站北广场东侧，是南京站交通枢纽的组成部分。南京汽车客运站是一级客运站，占地60亩，日发班1500个班次，线路有浙江、安徽、山东、河北、河南、湖北、湖南、江西、广东、上海、 北京、辽宁、山西、江苏、陕西等省市。

截至2020年12月，机场大巴由南京站东广场至城东龙蟠中路221号至南京禄口国际机场，火车站发车时间为05:00-21:00，每20分钟一班。

截至2020年12月，南京站南北广场地下一层均设有出租车下客区和上客区，火车旅客和汽车旅客都过地下通道，抵达上客区乘上出租车。

由于3号线南京站下穿1号线南京站，车站拱顶处离1号线的地板最短距离只有3米多，给施工带来了很大的困难。由于施工地段岩层条件复杂，原本以为这里土层含石量在10%左右，而实际情况却多很多。这里10米之外就是沪宁城际铁路还有其他的普铁在运营，地下不远处地铁一号线也在运营中，爆破产生的震动不能影响到火车和地铁，给开挖造成了很大的挑战。

南京站“美德车站”南京地铁第五个主题车站，于2014年年6月筹建，11月建成，位于地铁南京站的北站厅及出入通道，包含主题墙、核心柱、楷模馆、美德格言、传承美德、践行美德六大板块，运用动态静态展示。

在地铁南京站的北站厅及出入通道可以看到，在车站的墙壁上、玻璃上、立柱等地方到处体现着“美德”的主题。在北站厅主通道区域，有一面长14.5米、高1.8米的巨幅云锦，这幅耗时100天、100人织造完成的巨幅云锦，其内容是明代画家仇英的长卷绘画作品《南都繁会图》，生动地描绘了明永乐年间南京秦淮河两岸的盛况，反映了明代南京的城市社会经济和社会生活的繁荣景象。该幅巨型云锦不仅有古代南京风貌，同时也织造了新金陵四十八景，不乏夫子庙、长江大桥、紫峰大厦等景物，既能体现古代的繁华，也能体现南京繁荣昌盛的景象。

南京站是南京地铁9号线最重要的换乘站，也是南京地铁1号线和3号线的换乘站，地铁南京站已经是地下四层的站台结构，南京地铁9号线接入之后，地铁南京站又将增加地下层数，同时该站的地铁换乘方案也将变得更加复杂。