授泾县知县，后历任刑部主事、归德知府、西宁兵备道、黎平知府。在归德知府任上，曾将恶霸张国安绳之以法，合府百姓称贤。

天启初年，迁辽阳兵备道。时东林党人袁应泰为经略，昏聩无能，接受了大量诈降的后金奸细。不久后金大军围辽阳，城中奸细里应外合，后金军顺利入城。何廷魁分守城门，见事不可为，退守府邸，向京师四拜，怀印投井殉国，其妾高氏、金氏亦自尽。朝廷追赠光禄寺卿，赐祭葬，谥忠愍。