亚青寺的修行重点在于修行方便和诀窍的传授和实修，由于阿秋喇嘛修行诀窍得传于宁玛派大师昌根阿瑞仁波切，所以在此主要传修宁玛派大圆满实修法——耳传窍诀（man sngag），其义为成熟口诀法，属于阿底瑜伽的内密心滴部，其中主要是修学彻却（khregschod），其意直译为“直断”，进而修习托噶（todrgal），其意直译为“顿超”。围绕大圆满密法的修习，寺庙还安排了一些与此相关的修学内容。